En 1416, à la demande d’Amédée VIII auprès du pape Jean XXIII, vinrent s’établir à Bourg les Dominicains ou Frères-Prêcheurs, pour la bonne raison qu’il régnait dans la Bresse l’hérésie et le schisme, et le nombre croissant de partisans de la Réforme.
L’édification de leur église, à l’extérieur de la ville de Bourg à Brou plus précisément, monument  d’une rare distinction, demanda 80 années de construction qui s’acheva en 1494.
Les Dominicains reçurent de la part des ducs de Savoie, des dons en argent, des libéralités, des privilèges, des exemptions de toutes taxes et de péages, des propriétés dont la carrière de Jasseron, l’autorisation de choisir et de prendre à leur choix dans les forets ducal toutes pièces de bois.
Ils bénéficièrent des papes largesse et indulgence, et reçurent nombreuses reliques  de saints renommés, plusieurs os des dix mille martyrs, un fragment du voile de la Sainte Vierge, de faire des quêtes dans tout le diocèse, etc...
La population de Bourg de voir que cette communauté de moine avait sur eux tant d’avantages, en était dépitée, alors qu’eux-mêmes ne possédait qu’une simple chapelle.
L’édification de cette chapelle, comme le veut la tradition ancienne et vénérée, est un lieu champêtre et marécageux, où jadis un berger trouva à proximité de la porte d'Espagne, dans le tronc d’un saule, une image de la Sainte Vierge. Portée à la paroisse Saint-Pierre de Brou, celle-ci aurait regagné le lieu de son apparition. Un oratoire aurait alors été prestement construit, une statue de Marie étant par ailleurs taillée dans le bois de l'arbre abattu pour cause de caducité.
Construite sur le lieu même de la miraculeuse découverte, elle fut dédiée à Notre-Dame, et relevait du prieur de Brou. Elle était servie par une congrégation de vingt-huit prêtres, tous enfants de la ville, chargés de s’acquitter les services fondés par les particuliers et les corporations. Ils portèrent le nom de "Remembranciers", d’Incorporés, puis celui de Chanoine.
Attiré par les miracles qui avaient lieu à Notre-Dame de Bourg, de nombreux pèlerins affluaient, de même qu’Aymon, comte de Savoie, s’y rendit en 1342 la veille de l’Assomption, après son pèlerinage à Saint-Claude en comté, alors qu’il était affligé d’une grave maladie.
Guéri de sa maladie, rendant grâce à Dieu et à sa glorieuse mère, ordonna le jour de la fête de l’Assomption de Notre-Dame d’élever une messe par les prêtres de l’église, et de faire un sermon rendant grâce à la glorieuse Vierge Marie, et que celui qui le fera devra avoir le visage tourné vers l’image de la Vierge Marie, et leur donna à perpétuité la somme de 10 florins par an.

Note: Notice descriptive et historique sur l'église collégiale et paroissiale de Notre-Dame de Bourg, Jules Baux.

Distant de la ville d’un mille, soit environ 1,6 km, l’assistance aux offices à l'église paroissiale de Brou n'était pas aussi assidue qu’à l’église Notre-Dame.
Ceci favorisa en 1505, le dessein de Marguerite d’Autriche, d’acquérir le prieuré prieuré de Brou pour fonder ici même une église et un couvent dédié à Saint Nicolas de Tolentin, en transférant à l’église de Notre-Dame le titre de cure et d’église paroissiale, ce qui fut acté par une bulle du 6 mars 1505 par le pape Jules II.
Jean de Loriol, évêque de Nice, abbé de Saint-Pons, prit l’engagement de faire construire l’église de Notre-Dame. Il fit démolir l’ancienne église, ne gardant qu’une partie de l’abside. Jean de Loriol décèdera en 1507, avant la fin des travaux qu’il avait fait entreprendre à ses frais.
Il laissa à sa mort 200 écus d’or annuel pour l’achèvement des travaux aux prêtres incorporés. Ceux-ci demandèrent à la ville une aide pour l’achèvement des travaux en demandant une redevance aux habitants, qui avaient déjà à lutter contre la peste, la disette et la lèpre. Ce qui entraina cinquante ans plus tard un procès entre les chanoines et la ville.Les travaux furent arrêtés, le temps passant l’édifice menaçait de s’écrouler, Laurent de Gorrevod, gouverneur de Bresse, prescrivit une assemblée générale.
Deux maitres maçons arrivés à la demande de Marguerite d’Autriche, pour l’église de Brou, sont consultés pour Notre-Dame de Bourg, menaçant de s’écrouler. Leur avis fut de reprendre les voutes, unique moyen de supporter le poids de l’ensemble. Le conseil de la ville était d’accord, alors que les prêtres étaient contre. Après plusieurs dissensions entre les prêtres et le conseil de la ville, il fut retenu que l’on démolirait et reconstruirait après coup, les chapelles existantes pour élever des contreforts l’un au nord, l’autre au midi.
Les travaux de maçonnerie avançaient bon train, et il était grand temps de s’occuper des boiseries. Le marché fut attribué principalement à Terrasson, le plus habile menuisier de Bourg et quelques autres ouvriers de la ville.
La construction de Notre-Dame demandait sans cesse des efforts financiers. Outre les dons importants octroyés par Marguerite d’Autriche, l’archevêque de Lyon, le duc de Savoie, les syndics et le conseil de la ville, des redevances s’imposaient aux habitants.

La Catastrophe.

En 1514, les travaux étant bien avancé, dans la nuit du 1er décembre la majeure partie de l’église s’écroule sous le poids des surévélations. Il eut été bon de retenir l'avis des deux maîtres maçons de Brou.
En 1514, les travaux étant bien avancé, dans la nuit du 1er décembre la majeure partie de l’église s’écroule sous le poids des surélévations. Il eut été bon de retenir l'avis des deux maîtres maçons de Brou.
La stupeur passée les syndics convoque l’assemblée générale, et les six gardes, (représentants de chaque quartier de la ville), réunis près des chapelles de Ste-Madeleine et St Crépin, nommant six représentants chargés de choisir des maitres maçons et charpentiers. Benoît Castin, Denis Gauyères, Claude Charden et Pierre Anchement, vice gérant de maitre Louis de Brou, architecte de Brou, retenu en Flandres jusqu’au printemps. Il fut décidé que tout se ferai d’après son avis.
L’on passe ici, l’épisode de l’érection d’un évêché à Bourg, que Amé Chanlite, médecin du duc de Savoie, avait négocié auprès de ce dernier. L'envoie au Saint Père la somme de 1360 ducas pour l'expédition des bulles. Bourg sera érigé une première fois en éveché à la fin de mai 1515.
Maitre Louis architecte de Brou, signala au début mai 1516 l’urgence de refaire les deux piliers les plus rapprochés du sanctuaire, menaçant l’effondrement prochain de l’église. Devant le manque d’argent l’on se borna a étayer la voute.
L’on passera également ici, l’histoire concernant la marche de plusieurs bandes de Lyonnais sur Bourg, le passage possible en Bresse, d’une partie de l’armée française revenant du duché de Milan.
Tout ceci mettant sur le pied de guerre la Bresse toute entière, mais n’arrêtant pas les travaux de construction de Notre-Dame, hormis les travaux concernant la voute.
Maitre Ranasard, charpentier en chef de l’église de Notre-Dame acheva l’étayage de toute l’église à la mi-mai 1518, permettant ainsi la dépose et la reconstruction des piliers de voute.
Les travaux furent approuvés par maître Louis Van-Boghen, architecte de Brou et Guillaume de Perrin, qualifié de maître d’œuvre de Notre-Dame. Il avait été noté que les pendentifs du sanctuaire composés fragilisaient la voute. Celles-ci sont encore en place grâce à un arc s’appuyant au nord et au midi sur lequel sont scellées les pierres de la clé (photo n° 7).
13 novembre 1521, nouvelle bulle du Pape rétablissant l’évêché de Bourg, qui laissa dans l’indifférence total la Bresse.
En deux fois le fléau de la peste s’invitera en Bresse, laissant le peuple dans la plus lamentable misère. Les six premiers mois de 1522 et de 1523 à février 1524.
Une année de travaux interrompus par la mauvaise grâce des chanoines à payer leur dut pour la construction de Notre-Dame.
Début mai 1527, les travaux reprirent mais pas sans problèmes.
1528 l’église était fermée et couverte, mai 1529 marqua une nouvelle fois le pays par plusieurs calamités ; la sécheresse apportant la famine, la peste reparue, s’ajoutera la guerre dans la conquête de la Bresse par Francois 1er.
Le 4 octobre 1531, eut lieu la remise officielles des clés de l’église de Notre-Dame dans les mains de l’archevêque de Lyon, suite aux menaces de de dernier, pour la prise de Bourg et de Notre-Dame par la force.
Janvier 1534, la bulle du pape Paul III supprima définitivement l’évêché de Bourg entrainant une profonde discorde entre le chapitre et le syndic de la ville, laquelle donna un coup d’arrêt et d’abandon des travaux dont il ne restait que la façade que l'on voulait belle et somptueuse.
Passerons les épisodes de guerres de toutes sortes, la peste et la famine, qui plusieurs fois décimeront nombre d’habitants, l’oppression subie sous le règne de François 1er, et l'invasion bernoise de 1536 dans le duché de Savoie
De cette époque, les travaux de Notre-Dame se limitèrent à la fondation de la première zone de la façade, comprenant les trois portes trinitaires, y compris la galerie qui les surmonte.
La date de 1545 gravée au-dessus de la porte de la contre-nef méridionale, indique l’arrêt des travaux du XVIe siècle.
Philibert-Emmanuel, surnommé Tête-de-Fer, ayant pour parrain et aïeul, Emmanuel, roi du Portugal, deviendra à dix-sept ans, prince de Piémont. Il servira son oncle Charles-Quint à la tète de sa maison militaire. Ses valeurs militaires le conduiront à être nommé gouverneur des Flandres. Il sera duc de Savoie et prince de Piémont.
A son avènement en 1559, il visita ses états et se rendit à Bourg à Notre-Dame. Voyant l’église inachevée, il promit aux syndics et chapitre son aide pour l’achèvement des travaux.
Rappeler en Piémont pour des affaires urgentes, il parti sans réaliser ses promesses.
La venue de Philibert-Emmanuel donna lieu à des fêtes et cérémonies importantes, au point que les sonneurs cassèrent la cloche de l’église. Le prince remédia à cet accident, et l’on utilisa la cloche cassée pour en faire une plus grande et plus lourde dont Marguerite de France, duchesse de Savoie en fut la marraine.
En 1569 les stratégies de l’histoire imposèrent à Philibert-Emmanuel l’édification d’une citadelle à Bourg, retardant d’autant les travaux de Notre-Dame. Le clergé fut taxé d’une somme de 90 000 florins et le pays de Bresse de 16 000 écus.
Une nouvelle invasion de peste jusqu’en 1576, viendra retarder les travaux de la citadelle, obligeant magistrats et gouverneur à abandonner la ville, et au point que les habitants du quartier de Bourgneuf, furent sommer de quitter la ville sous peine d’être pendu ou étranglé (15 juillet 1574).
En 1587, les chanoines décidèrent de réaliser leur vœu, la construction d’un jubilé (jubé) dans l’église Notre-Dame, sur le modèle de Notre-Dame de Brou. Sa construction, entre les piliers entre le chœur et la nef, dura trois années. Ce jubilé ou jubé, n'éxiste plus de nos jours.

Le XVII^e siècle.

En 1600, Bourg assiégé et prise par le duc de Biron. Lors de la défense de la cité, un boulet tiré du fort Saint Maurice s’abattit et brisant la cloche principale la Marguerite de Notre-Dame. La citadelle sera démolie en 1611.
En 1640, la Marguerite toujours pas remplacée, le syndic de Bourg, le sieur Goyffon, alla demander au duc de Longueville, seigneur de Franche-Comté, s’il pouvait lui accorder la grosse cloche de Bourg de Chavannes.
M. de Longueville agréa la demande du syndic, et la cloche fut transportée à Bourg et placée dans la Halle, le clocher de Notre-Dame n’étant toujours pas terminé.
En 1662, les syndics firent apposer des affiches dans les villes de Bourg, Lyon, Châlons, Lons-le-Saunier, Besançon, et d’autres, pour l’adjudication des travaux du clocher.
Fin 1665 les travaux du clocher, des voutes et autres ouvrages furent terminés et examinés par des experts.
Hélas en 1670 il fallut à nouveau procéder à des travaux de consolidation sur les contreforts extérieurs qui soutenaient la voûte du chœur et de la grande nef, menaçaient s’entrouvrir et de voir l’ensemble s’effondrer.
En 1675, une terrible épidémie inconnue s’abattit sur Bourg, laissant un grand vide dans la ville. Une somme importante étant entre les mains du trésorier de l’église en 1682, il fut projeté l’achat d’un jeu d’orgue, ainsi que la construction d’une voûte au-dessus des portes pour les y placer.
Voici donc telle est l’église terminée au XVIIe siècle.

Le XVIII^e siècle.

Le XVIII^e siècle marquera de profonds changements dans l’art, et Notre-Dame n’en sera pas exemptée.
Le jubé et stalles qu’avaient fait construire les chanoines en 1587 sera détruit, les stalles hautes seront remplacées, les sols nivelés, des chapelles et tombes relevées, etc…
En 1790, en conformité du décret de l’assemblée nationale, la municipalité de Bourg fit procédée à l’inventaire des biens de l’église collégiale et paroisse de Bourg.
La dissolution du chapitre fit perdre le titre de collégiale à l’église de Notre-Dame. Par un décret d’Albitte tous les clochers durent tomber, et les églises furent destinées à servir de temple à la déesse Raison. La destruction du clocher de Notre-Dame de Bourg venait d’être décrétée par le fougueux Albitte, et il avait même prévu de détruire l’église entière, et de la transformer en temple de la Raison. Une ancienne tradition rapporte que le premier jour de la démolition, un ouvrier tint à l’honneur d’être le premier au sommet du clocher pour commencer sa démolition. Au sommet il secoua fortement la croix de fer qui trônait au sommet du dôme. On ne sait si c’est de vertige, ou un châtiment de Dieu, on le vit tomber et s’écraser sur le parvis du temple.
La venue à Bourg du représentant du peuple Claude-François Boisset, permit de sauver l’église, de restaurer le dôme et la tour du clocher pour y replacer l’horloge.
Le Concordat signé le 15 juillet 1801 permis à la religion catholique de rouvrir ses temples, et Notre-Dame de Bourg rendue à sa destination.
La fête de l’Annonciation de 1802 fut grandement célébrée, et le tableau miraculeux exposé aux fidèles.
La générosité d’un habitant de Bourg, M. Alfred Bon, décédé prématurément légua à la ville la somme de 20 000 francs pour que l’église retrouve la splendeur de son clocher.

L’orientation de Notre-Dame de Bourg est liturgique, son chevet étant tourné vers l’Orient, berceau du Christianisme.
Sans transept, a la d’un forme parallélogramme, semblable à la majorité des églises de province, terminé par une vaste apside à l’est. Elle est percée de cinq grandes baies ogivales, montant jusqu’à la voute, trois seulement sont ouvertes.
Dans la partie septentrionale de l’abside, Jean Bard, spécialiste de l’archéologie religieuse, y a découvert une sorte de niche le « repositorium des ancienne basiliques» (crédence, tabernacle, endroit où l’on range).
Les façades extérieures ne présentent rien de particulier, dont les belles assises de pierres ont été extraites des carrières de Jasseron. Celles-ci sont percées de deux rangs de fenêtres ogivales, les inferieures étant pratiquées dans les murs des chapelles, les supérieures dans le mur de la grande nef.
La façade méridionale est percée d’une petite porte, côte nord subsiste la trace d’une ancienne porte de communication entre le cloitre et le chapitre.
La façade principale avec des formes grecques et romaines, lui confère un caractère noble et imposant. Percée de trois portes donnant accès à l’édifice correspondent aux trois nefs. Les deux portes, celle du centre et la méridionale, sont arrondies et de plein cintre, alors que la porte nord plus exiguë est surmontée d’un fronton triangulaire. Cette différence semble s’expliquer par l’insuffisance d’espace que l’on a pris pour créer l’escalier montant au clocher.
L’ensemble bas de cette façade est décoré de pilastres cannelés et de niches style renaissance, mais que la révolution de 1793, à supprimer les patrons de l’église.
La balustrade située au-dessus des portes, marque l’arrêt de la construction de l’édifice en 1545. Cette date de 1545, l’architecte a pris soin de la faire gravée au-dessus de la porte de la contre-nef méridionale. Cette œuvre interrompue dans ses travaux pendant plus d’un siècle, par les infortunes du temps, ne seront repris par la ville de Bourg qu’en 1648, auxquelles l’on chargera l’architecte lyonnais Maugras de terminer la façade et d’élever le clocher.
A ce stade il est bon de souligner le mérite de cet architecte de proportionner la dépense aux ressources des particuliers er communautés, ensuite dans l’apparence du clocher en le faisant correspondre à sa base, en donnant une continuation par la construction de cinq étages en respectant l’ordre méthodique d’architecture classique, allant du pilastre à la colonne, partant du dorique vers le corinthien.
Le premier étage, en retrait de la porte centrale, comporte une ouverture en forme d’hémicycle accostée de pilastres d’ordre toscan, dans laquelle a été créée l’une de ces dernières roses tant appréciée par les architectes du moyen-âge.
Le second étage ne comporte qu’une fenêtre décorée d’une sculpture de guirlandes.
A leurs origines les deux étages suivants comportaient chacun deux fenêtres, dont la pénultième renfermait l’horloge de la paroisse. Le cadran situé entre les deux fenêtres, était peint aux armes de la ville.
Avant 1793, du sommet de la façade s’élançait une tour octogonale, percée sur chacune de ses faces d’une fenêtre à plein cintre que surmontait un dôme percé d’autant d’œil de bœuf. Ce dôme était surmonté d’une lanterne, qu’une croix de fer supplantait.Sur le dôme brillait avant la révolution, l’écusson de France, rappelant le souvenir de la part prise par Louis XIV à l’achèvement de l’église.
En 1911, l’architecte Tony Ferret départemental de l’Ain, sera chargé de la reconstruction du clocher de Notre-Dame de Bourg-en-Bresse.
De la toiture surgissent des gargouilles à tête de monstre écoulant les eaux de pluie.

En entrant à l’intérieur de l’édifice le regard est attiré par la richesse de la voute, qui dans sa dernière partie se trouve un pendentif, une clé de voute ornée de sept clés secondaires. Œuvre savante des maitres du XV^e siècle, suspendue dans l’épaisseur de la voute en brique qui n’est que de 15 à 20 centimètres.
La sacristie fut construite à l’emplacement de l’ancienne chapelle des Pénitents du Confalon.
La chaire révèle l’art des menuisiers et sculpteurs sur bois du XVIII^e siècle, tant par la richesse, l’élégance et la qualité du travail qu’ils ont mis dans l’accomplissement cette œuvre, dont les bas-reliefs sont dus au dessin de M. Fiot.
En ce qui concerne les vitraux, ceux-ci ont subit la destruction de la révolution 1793.
Remplacés, ils le seront de nouveau au cours du XIX^e et XX^e siècle.

Pendant les travaux, statues, tableaux, vitraux des sanctuaires et chapelles tombaient sous les coups de marteaux, seul le Tableau Miraculeux échappa à la folie destructrice. Autrefois enfermé dans un cadre en argent, il avait été brisé et jeté pêle-mêle dans un tas d’ordure au milieu de la sacristie.
Un ancien employé de l’église, ce trouvait présent peu de temps après la destruction de toutes ces choses sacrées. Il ne pensait nullement à trouver quelques traces du tableau miraculeux, quand un petit chien qui l’accompagnait jouait avec un plumeau et grattait pour l’arracher des débris. Il fit découvrir à son maitre un morceau de planche qu’il reconnut très bien pour être un morceau du tableau miraculeux. Il le cachât soigneusement avant de revenir et de le dérober pour le conserver à la religion.
Il remit quelques temps plus tard cette relique sacrée à M. Collomb, ancien sacristain du chapitre, dignitaire de l’église, qui la fera suivre au Vicaire-général du diocèse. Ce dernier fera une enquête canonique et appela plusieurs personnes tant ecclésiastiques que laïques pour témoigner que ces restes sont véritablement une portion du tableau miraculeux.
Les vicaires généraux l’examineront soigneusement, à la suite de quoi il sera décidé d’exposer cette partie du tableau à la piété des fidèles, et que le jour de l’Annonciation et de la fête patronale il sera porté en procession dans les rues avant la grand’messe.
La portion du tableau retrouvé représente le buste de la Sainte-Vierge et l’enfant Jésus. Quelques peu altéré, cette portion du tableau a été inséré avec soin dans une planche qui avait autrefois la grandeur naturel.

A l’emplacement de l’ancienne église qui existait à cette époque, un étang formé par la Reyssouze et au bord duquel était un saule, peut-être adoré dans les anciens temps, peut-être pour son action fébrifuge. Les Vierges Noires avaient pour particularités d’être situées à proximité de source d’eau.
Dans la cavité du tronc creusée par le temps, l’on y avait placé une figure de la Vierge Noire.
Le culte de la Vierge Noire était très rependu au temps des croisades et passait pour celui d’Isis, et également d’une Sainte Marie égyptienne, courtisane de Memphis, devenue noire dans le désert ou elle fit pénitence trente ans.
Aujourd’hui l’on croit cette religion d’origine gauloise.
Elle avait pour foyer Chartres dans le Nord de la Celtique, le Puy, Rodez, Toulouse.
Sa grande fête (l’Annonciation) qui tombe le 25 mars est une fête de renouveau. On transporta la Vierge Noire à Brou. Le lendemain elle avait réoccupé la tronche du bord de l’étang. On vit là un miracle témoignant de l’envie qu’elle avait à ne pas se déplacer. On lui bâtit donc une chapelle à côté du saule. Les Savoyards n’ont pas arrangé la légende, car on la retrouve ailleurs. La chapelle du XIIIe siècle était de style roman, et destinée à supplanter peu à peu le Saint-Pierre de Brou du Xie siècle.
Source Cartulaire de Bourg-en-Bresse. Joseph Brossard. 1882

Après la grande peste de 1675, qui avait créée un grand vide dans la cité, l’économie reprenant l’on se rendit compte qu’une somme sans emploi restait dans les comptes du trésorier de l’église. On proposa alors d’utiliser cet argent dans l’achat d’un jeu d’orgue, et en juillet 1682 une proposition fut soumise au conseil de la ville. N’oublions pas que le chapitre n’était détenteur  que du cœur de l’église, et la ville pour le reste, et que cette initiative était celle des chanoines et fabriciens.
Plusieurs emplacement furent proposés, n’en retenant qu’une, celui au-dessus des portes, mais pour lequel il faudrait créer une nouvelle voute. Le projet fut accepté par le conseil.
Le maitre étant chargé de cette construction fera graver sur la clé d’arc, la date de cette construction 1682.

• En 1683 l’un des célèbres facteurs d’orgue de l’époque, du nom de Dominique Baron de Metz, placera instrument de 14 jeux d'esthétique flamande,
• 1685 à 1687: Pierre Feaugat, facteur  originaire d’Auch agrandi l’orgue et réalisa divers travaux
• 1835 Claude-Ignace Callinet, d’origine alsacienne établis à Rouffach, fils de François Callinet, célèbre famille facteur d’orgue, reconstruit l'instrument
• 1861 l'orgue fut restauré et étoffé par la manufacture Beaucourt de Lyon
• 1866  Aristide Cavaillé-Coll, église Notre-Dame-du-Bourg, (20 jeux), association Aristide Cavaillé-Coll https://www.cavaille-coll.fr/
• Modification de l'orgue par le facteur Edmond Costa
• 1906 Theodore Kühn, https://www.orgelbau.ch/
• 1927, reconstruction de l'instrument par la maison Michel - Merklin & Kuhn de Lyon, suite aux dégats occasionnés par une véritable tornade de pluie, de grêle et de vent déracinant les plus gros arbres.
• 1976 à 1981, le grand buffet de l’orgue laissé par Callinet, fut rétablit Philippe Hartmann et Jean Deloye, tous deux facteurs d'orgues.
• 2006, Jean Deloye, à  Audelange dans le Jura, meilleur ouvrier de France, effectuera un chantier de relevage.
  Les Amis de l'Orgue et de la Co-Cathédrale Notre-Dame de Bourg, organisent les Mardis de l'Orgue depuis 2004, http://aaoc01.e-monsite.com/